Tras la pronaos se penetraba en el mégaron, la principal sala interior, dividida en tres naves por medio de dos filas de ocho columnas. Contenía numerosos y ricos exvotos junto con un altar dedicado a Hestia, frente al que ardía un fuego alimentado con madera de abeto y ramas de laurel que había sido encendido en un pasado remoto mediante la intervención de un espejo que reflejó la luz del sol. El fuego sólo se apagó en una ocasión durante un inesperado ataque de los bárbaros producido en el 84 a.C.

Más allá del mégaron se situaba el áditon, el lugar más sagrado del templo y donde profetizaba la pitia. No se conoce con exactitud cual era su disposición con respecto al resto del templo, discutiéndose si estaba situado al mismo nivel del mégaron o si, por el contrario, se encontraba en un nivel inferior, dado que existen indicios literarios en ambos sentidos. Así, mientras que Pausanias utiliza en muchos pasajes la palabra “bajar” cuando la pitia se dispone a pronunciar las profecías, de algunos oráculos se extrae la conclusión de que la sacerdotisa podía ver la entrada del templo desde el áditon, como ocurre con el oráculo que reciben los lidios cuando éstos acuden a Delfos para mostrar las cadenas de Creso, oráculo al que nos referiremos más adelante. Sea como fuere, los consultantes penetraban en el áditon a formular sus preguntas a la pitia sin que ésta fuera vista, pues permanecía oculta tras un velo.

Para concluir con la descripción del recinto sagrado, tan sólo añadir que, en la parte más alta del mismo, donde brotaba el sagrado manantial Kassotis, había otras dos construcciones dignas de mención: El Teatro y la sala de los Cnidios. En el Teatro, uno de los mejor conservados de Grecia, construido en el siglo IV a.C., se desarrollaban, además de representaciones teatrales, concursos dramáticos y musicales, que constituían uno de los momentos más importantes de las fiestas Píticas pues, no en vano, Apolo era, también, dios de la música. La Sala de los Cnidios era famosa por sus espléndidas pinturas debidas a Polignoto de Tasos, el más célebre pintor griego de la primera mitad del siglo V a.C. En ella estaban representados dos grandes temas homéricos: La Iliupersis (conquista de Troya) y la Nekyia (descenso de Odiseo a los Infiernos).